La Nonette et ses affluents sont des rivières qui ont été fortement modifiées au fil du temps. L'endiguement, l'urbanisation et l'imperméabilisation accélèrent le phénomène de ruissellement et de montée des eaux. 

Les sols imperméabilisés (goudrons, bétons, ...)  n'ont pas la capacité d'absorber et de retenir l'eau. Cette eau prend de la vitesse sur ces surfaces en emmenant les sédiments et pollutions sur son passage avant de s'écouler directement dans les rivières. Ce phénomène est appelé ruissellement.

Toutes ces eaux s'écoulent ainsi en même temps dans le lit des rivières qui se charge très vite. Sa capacité maximum atteinte, le lit déborde et c'est l'inondation.

Des inondations sont fréquemment observées notamment à Eve, Senlis, Villeneuve sur Verberie ou Nanteuil- le-Haudouin.

Le bassin versant de la Nonette est concerné principalement par trois types d’inondation :

​

• Par débordement de cours d’eau : cette problématique est relativement peu répandue sur le territoire. Les communes qui sont concernées par ce risque, le sont essentiellement par débordement de l’Oise, notamment Gouvieux, Saint-Maximin et Verberie. Ces communes sont couvertes par un PPRI.

​

​

• Par remontée de nappe : ces phénomènes sont fréquents sur le territoire de la Nonette. La nappe est sub-affleurante sur la majorité des fonds de vallée. Les cours d’eau, ayant été perchés sur beaucoup de secteurs, ne jouent plus leur rôle de drainage dans certains fonds de vallée. Ainsi, il existe un danger à construire sur ces anciens lits majeurs de la rivière même si elle n’est plus présente.